重庆交通大学航海系始建于2004年，始终坚持以《海员培训、发证和值班标准国际公约》及《中华人民共和国船员培训管理规则》为指导原则，致力于航海技术专业的发展。系内拥有一支政治素质高、业务能力强的教师团队，共有教职工22人，其中高级职称占比27%，海船适任证书持有人数占比27%。

航海系始终坚持半军事化管理，以培养社会紧缺的高技能航海人才为目标，严格按照船员教育和培训质量管理体系要求，注重学生的实际操作和管理能力培养，为社会输送了一批又一批具备现代化船舶驾驶与管理能力的高级应用型人才。这些毕业生供不应求，待遇优厚，为航海行业的发展做出了积极贡献，赢得了社会的高度认可和赞誉。