轮机工程系科研工作坚持面向实际、服务海事的宗旨，依托严谨的科研态度和专业的研究团队，在船舶动力装置振动噪声和排放控制技术、船舶动力装置低碳技术、新型气体污染物处理技术和动力装置能源回收储存技术取得了诸多突破性研究成果。

轮机工程系承担了国家自然科学基金项目、重庆市自然科学基金项目、博士后基金项目等多项国家级、省部级项目的研究工作，主持纵向科研项目20余项，横向科研项目10余项。发表学术论文100余篇，其中SCI期刊发表成果超过40篇，EI期刊发表超过10篇，同时在国内中文核心期刊上也有若干篇发表。申请中国发明专利20余篇。